La detección de ARN de SARS-CoV2 en muestras respiratorias es la técnica de referencia y de elección para el diagnóstico microbiológico de COVID-19. Tomando la muestra de la parte posterior de la faringe y de las fosas nasales se detecta la presencia del virus. Un requisito principal en la valoración de las muestras del tracto respiratorio es que estas deben contener el mayor número posible de células epiteliales, por lo que también resultan muy útiles los aspirados nasales y lavados bronquiales.

El transporte de las muestras debe realizarse a 4 °C (o en su defecto congeladas a −70 °C) con objeto de asegurar la infectividad de las partículas virales. La recuperación de los virus gripales se favorece con un medio de transporte adecuado, que consiste en una solución salina a pH neutro con estabilizadores de proteínas, como el suero de albúmina bovina, y antibióticos para reducir el crecimiento de bacterias que integran la microbiota acompañante.²

Los métodos moleculares de diagnóstico que permiten la detección de ácidos nucleicos están basados en la búsqueda y el reconocimiento del genoma viral en la muestra clínica. Las técnicas más utilizadas es la técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction, Reacción en cadena de la polimerasa) , la cual es una técnica muy establecida, utilizada de manera rutinaria en todos los laboratorios clínicos y que está basada en la amplificación de fragmentos de ADN mediante ciclos consecutivos de incrementos y bajadas de temperatura, lo que permite, a partir de pocas secuencias iniciales de ADN (pocas copias de material genérico) ampliar a grandes cantidades que pueden ser detectadas mediante fluorescencia.³

Esta técnica amplifica el ADN por lo que en el caso del ARN vírico es necesario primero convertirlo en ADN por la transcripción inversa, (RT reverse transcription) y a partir de eso entonces iniciar la PCR. Las ventajas de estas técnicas son múltiples permitiendo detectar el ARN del virus dos días antes que aparezcan los síntomas, la carga viral va aumentando en la fase aguda y luego aproximadamente dentro de 14 a 21 días debe negativizarse por lo que permite valorar incluso su uso para evolucionar el paciente y evitar así la transmisibilidad. No siempre es 100 % así, hay estudios que refieren pacientes con una carga viral detectable a los 30 días, por lo que se necesita más estudios para ver el periodo de permanencia en algunos pacientes o si este se elimina de forma intermitente, o si hay pacientes que pueden convertirse en portadores. Esos estudios los estaremos haciendo a medida que enfrentemos la epidemia.⁴

Los inconvenientes de estas técnicas es que requieren de mucha laboriosidad así como de un laboratorio de nivel 2 de bioseguridad en un personal especializado.

La detección de antígenos es un tipo de prueba de diagnóstico rápido la cual detecta la presencia de proteínas virales (antígenos) expresadas por el virus de la COVID-19. Generalmente se basa en la detección de las proteínas estructurales como sería la proteína S, en caso de detección completa del virus, o la proteína N para detección de partes o fragmentos del virus, mediante el uso de anticuerpos específicos, que las detectan cuando capturan al virus.

En una muestra del tracto respiratorio, si el antígeno está presente en concentraciones suficientes en la muestra, se unirá a anticuerpos específicos fijados a una matriz y generará una señal visualmente detectable, generalmente dentro de los 30 min.^5,6

Este tipo de prueba puede ser utilizada en pacientes asintomáticos y con infección temprana ya que solo se detecta positiva cuando el virus se replica, por lo tanto, son muy útiles para pesquisas, pero su desempeño depende de la calidad en que se tomen la muestra y le precisión del kit diagnóstico que se disponga. En estudios promedios de los kit disponibles en el mercado su sensibilidad suele variar entre 34 a 80 %.⁷

Con los datos limitados ahora disponibles, la OMS no recomienda actualmente el uso de pruebas de diagnóstico rápido de detección de antígenos para la atención del paciente, aunque se recomienda encarecidamente la investigación de su rendimiento y utilidad diagnóstica potencial.

Es una de las técnicas más utilizadas a nivel mundial en grandes poblaciones, incluso como pesquizaje, aunque su interpretación puede requerir intervención de médicos especializados. Tiene la ventaja que puede ser realizada por el médico de asistencia, está basada en la detección de anticuerpos del tipo IgM e IgG y algunas también presentan la detección de anticuerpos IgA, aunque algunos estudios publicados hasta la fecha todavía no son confiables.⁸

La presencia de IgM se produce entre los 7-10 del inicio de los síntomas, y suele disminuir a partir de los 20 días, hasta desaparecer. La IgG se hace positiva a partir de los 14-20 días y suele mantenerse durante un tiempo prolongado. Por lo tanto, el diagnóstico de infección de COVID-19 basado en pruebas serológicas en la mayoría de casos solo será posible en la fase de recuperación, cuando muchas de las oportunidades de intervención clínica o interrupción de la transmisión de la enfermedad ya han pasado. Este análisis es general, pues se ha visto en la COVID-19 que no todos los individuos son iguales y que la capacidad de respuesta del sistema inmune puede tardar más tiempo en producir anticuerpos, y no hacerlo con la misma intensidad, pudiendo dar falsos negativos, en los cuales hay además muchas variables que intervienen tales como la edad, estado nutricional, determinada medicación, pacientes VIH, estado inmunosupresivo del paciente y severidad de la enfermedad.⁹

La interpretación de las pruebas serológicas debe realizarse con cautela, teniendo en cuenta sus limitaciones, y evaluarlas acorde a la situación clínica del paciente y de los resultados de la prueba de referencia de RT-PCR. Aunque la presencia de IgG parece indicar una inmunización frente a una reinfección al virus, aún no hay evidencias científicas que lo confirme con seguridad.